ترك فضيلته موسوعة متكاملة في تفسير الآيات العلمية في القرآن الكريم والتي أسماها (لمحات علمية وقطوف تفسيرية) وهو عن التفسير العلمي لعدد 102 آية من القرآن الكريم على ترتيب المصحف. ووضع فيها خلاصة علمه في مجال الإعجاز طوال مسيرة حياته – مع تعرضه للكثير من الآيات والمسائل التي لم يتعرض لها سابقيه – والتزم في جميع الآيات بتطبيق المنهج العلمي الذي ألزم به نفسه في جميع انتاجه العلمي.
ترك فضيلته كتاب سرعة الضوء في القرآن الكريم حيث بدأ دراسة هذا الموضوع عام 1985 وعرض ونوقش على مدار سنوات من عدد من اللجان العلمية واللغوية والشرعية حتى تم إقراره وتم تقديمه في مؤتمر موسكو عام 1993 وأعاد تنقيح شرحه وصياغته حتى وصل إلى الصورة النهائية اللائقة عام 2017 .
ترك فضيلته المعجم وهو ذخيرة للباحثين في التفسير عموماً والإعجاز خصوصاً حيث قدم له فضيلته بقوله: اقتضى تدبر القرآن الكريم وإدراك بليغ بيانه؛ جمع الآيات الكاملة التي وردت فيها كل مفردة وفهرستها وفق الجذور والنظر في سياق كل آية، واتباعًا لما كان عليه الصحابة والتابعين وأئمة السلف (رضي الله تعالى عنهم أجمعين)
الماء الدافق تعبير وصفي للمني لأنه سائل تركيبه يماثل قطيرات الماء إلا أنه حي تتدفق تكويناته وتتحرك بنشاط ويصدق عليها الوصف بصيغة اسم الفاعل (دافق) لدلالته على الحركة الذاتية, وجميع الأوصاف عدا وصف الماء بالدافق تتعلق بالإنسان لأن بدء خلقه هو محور الحديث والموضوع الرئيسى وهو المستدل به على إمكان الإرجاع حيا.ً
كتاب فتاوى فضيلة الشيخ د. محمد دودح .. قام بنشره و توزيعه موقع الإسلام اليوم .. عدد الفتاوى 68 هى أسئلة علمية فى الإعجاز العلمى فى القرآن و السنه والرد على الشبهات .. من 1424هـ الموافق 2004 إلى1431 الموافق 2010
